Pada akhir tahun 2006, diluncurkan New Toyota Avanza dengan perubahan tampilan, aksesoris, peningkatan performa serta mesin baru berteknologi pengaturan katup variabel VVT-i yang melengkapi semua versi (facelift). Pada akhir tahun 2006 juga diluncurkan New Avanza S (1.5 S VVT-i) yang merupakan versi terlengkap dengan mesin berkapasitas 1.500 cc VVT-i, sensor parkir belakang, teknologi pengereman ABSserta pelek aluminium 15". Mesin 1.500 cc VVT-i yang digunakan oleh Toyota Avanza memiliki spesifikasi yang sama persis dengan Toyota Rush. New Avanza S tersedia dalam dua pilihan transmisi, manual dan otomatis.
Sementara perubahan model secara keseluruhan (full model change) dilakukan pada tahun 2011 yang menandai mulainya generasi kedua. Munculnya varian baru Avanza Veloz (berasal dari Veloz, Velocity yang artinya kecepatan) menjadi varian yang teratas (top of the line) juga yang embedakan dengan generasi sebelumnya.
Toyota Avanza juga dipasarkan di sejumlah negara Asia Pasifik seperti Malaysia (Versi 1.5 G dilengkapi dengan airbag), Thailand, dan Filipina, selain itu juga dipasarkan di Afrika Selatan dan Meksiko. Sementara Daihatsu Xenia generasi pertama juga dijual di Cina dengan konfigurasi kapasitas mesin 4 silinder 1.300 cc seperti Toyota Avanza.
